Phùng Khắc Khoan người làng Phùng Xá, huyện Thạch Thất, đất Sơn Tây. Làng ấy tục gọi là làng Bùng. Tục truyền ông là em cùng mẹ khác cha với Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm. Người mẹ, sau khi giận chồng mà bỏ ông Nguyễn Văn Định, đã lên Sơn Tây lấy chồng khác và sinh ra Khắc Khoan. Cậu bé sinh ra đã có tư chất thông minh. Khi lớn lên, mẹ cho cậu xuống Hải Dương theo học người anh. Nguyễn Bỉnh Khiêm hết lòng dạy dỗ, nên về sau Khắc Khoan trở thành một người văn chương và đức hạnh đều đủ cả.
Khắc Khoan thuê nhà trọ gần thầy để học. Khi việc học đã thành, một đêm Nguyễn Bỉnh Khiêm đến gõ cửa nhà trọ, nói vọng vào: Gà đã gáy rồi, sao không dậy thổi cơm ăn, còn nằm mãi đấy ư? Bấy giờ nhà Mạc giữ kinh thành, còn nhà Lê đang gây dựng lại ở đất Thanh Hóa. Trạng Trình tính biết cơ nghiệp nhà Lê có ngày trung hưng, nên mượn tiếng gà gáy để giục học trò lên đường. Khắc Khoan hiểu ý thầy, bèn khăn gói vào Thanh Hóa giúp nhà Lê.
Vào đến Thanh Hóa, Khắc Khoan được vua Lê Trang Tông mừng rỡ tin dùng. Ông bàn mưu lập kế, giúp được nhiều việc lớn. Trải mấy đời vua, ông vẫn hết lòng phò tá. Đến đời vua Lê Thế Tông, nhà Lê khôi phục được kinh thành Thăng Long. Bấy giờ cần phải sang nhà Minh cầu phong, để thiên triều công nhận nhà Lê là chính thống. Việc ấy khó khăn, vì bao năm nay nhà Minh vẫn đi lại với nhà Mạc. Vua chọn Phùng Khắc Khoan làm sứ thần, gánh lấy việc khó ấy.
Sang đến kinh đô nhà Minh, sứ đoàn dâng biểu cầu phong. Nhà Minh chỉ phong cho vua Lê một chức quan đô hộ, giống như đã phong cho họ Mạc trước kia. Phùng Khắc Khoan trả lại sắc, dâng biểu nói rằng: Chúa tôi là họ Lê, vốn là dòng dõi vua nước An Nam, không có tội gì như nhà Mạc, mà lại phải chịu chức tước như họ Mạc, thì chúng tôi không dám nhận sắc mệnh, xin hoàng đế thiên triều xét lại. Lời lẽ cứng cỏi mà hợp lẽ. Sách xưa chép rằng nhờ thế, vua Minh lại phong vua Lê làm An Nam quốc vương.
Trong thời gian ở đất Minh, gặp ngày Tết Nguyên Đán, vua Minh sai các quan trong triều và sứ thần các nước, mỗi người phải dâng một bài thơ chúc mừng. Ai nấy đều dâng một bài. Riêng Phùng Khắc Khoan dâng lên một lúc ba mươi sáu bài, mà bài nào cũng hay. Vua Minh đọc xong, khen ngợi hết lời, phê cho đỗ Trạng nguyên. Vì thế người đời gọi ông là Trạng Bùng, theo tên làng Bùng quê ông.
Dân gian còn truyền rằng, trong chuyến đi sứ ấy, Phùng Khắc Khoan thấy ở đất Minh có giống cây ngô hạt chắc, dễ trồng, ăn no lòng. Hạt giống vốn bị cấm mang ra khỏi nước, nhưng ông đã tìm cách mang được về. Về đến quê, ông đem trồng thử, rồi dạy dân cách gieo trồng. Từ đó, cây ngô theo bước chân người nông dân lan ra khắp nơi, thành thứ lương thực quen thuộc của nhà nông. Người làng Bùng kể chuyện ấy với lòng biết ơn.
Trên đường đi sứ trở về, qua đất Lạng Sơn, Phùng Khắc Khoan thấy trên núi có ngôi chùa nên lên xem cảnh. Dưới gốc thông có một người con gái đẹp đang gảy đàn hát. Người ấy chính là tiên chúa Liễu Hạnh, vốn là tiên nữ trên trời bị đày xuống trần, hết hạn rồi lại hay đi mây về gió, chơi khắp các nơi danh thắng. Phùng Khắc Khoan đọc trước một vế đối bằng chữ Hán: Tam mộc sâm đình, tọa trước hảo hề nữ tử. Câu ấy chiết chữ, ý rằng giữa sân rừng cây có một người con gái đẹp đang ngồi.
Người con gái ứng tiếng đối ngay: Trùng sơn xuất lộ, tẩu lai sứ giả lại nhân. Ý rằng giữa núi non trùng điệp, đi lại trên đường là một vị sứ giả. Phùng Khắc Khoan lại đọc: Sơn nhân bằng nhất kỷ, mạc phi tiên nữ lâm phàm. Ý ông hỏi: người tựa ghế giữa núi kia, chẳng phải là tiên nữ xuống trần đó sao? Nàng đáp luôn: Văn tử đái trường cân, tất thị học sinh thị trướng. Ý nàng: người đeo khăn dài của nhà văn ấy, ắt là một học trò hầu thầy. Câu nào cũng chiết chữ khéo léo, đối nhau chan chát. Phùng Khắc Khoan muốn hỏi lai lịch, thì người con gái đã biến mất.
Chỗ nàng vừa ngồi, chỉ thấy những cây gỗ nằm ngổn ngang, xếp thành hình mấy chữ Mão khẩu công chúa, lại có một cây gỗ dựng viết bốn chữ Thủy mã dĩ tẩu. Phùng Khắc Khoan ngẫm nghĩ hồi lâu. Chữ mộc ghép với chữ mão, chữ khẩu thành ra hai chữ Liễu Hạnh. Chữ thủy ghép với chữ mã thành chữ Phùng, chữ dĩ ghép với chữ tẩu thành chữ khởi. Ông hiểu rằng tiên chúa Liễu Hạnh muốn nhờ họ Phùng khởi công sửa sang ngôi chùa trên núi. Ông bèn bỏ tiền ra cho dân sửa chùa.
Về sau, nhân lúc thong thả, Phùng Khắc Khoan rủ hai người bạn họ Ngô và họ Lý lên chơi Hồ Tây. Giữa cảnh nước biếc mây trôi, họ lại gặp tiên chúa Liễu Hạnh lần nữa. Ba người cùng tiên chúa làm thơ xướng họa, nối vần liên ngâm với nhau. Đến khi cuộc thơ tàn, tiên chúa lại biến đi như lần trước. Chuyện Trạng Bùng hai lần gặp tiên được người đời truyền tụng mãi, như một giai thoại đẹp về tài thơ và duyên lạ của bậc danh sĩ.
Phùng Khắc Khoan làm quan thời Lê trung hưng, công nghiệp rất hiển hách. Ông dần thăng đến chức thái phó, được phong tước quận công, ngoài bảy mươi tuổi mới mất. Cậu học trò năm xưa nghe tiếng gà gáy của thầy mà lên đường, nay đã trở thành một danh thần của đất nước. Ngày nay ở làng Bùng vẫn còn đền thờ Trạng Bùng, và người ta vẫn kể cho nhau nghe chuyện ông đi sứ, chuyện hạt ngô, chuyện gặp tiên trên núi.