Ngày xưa, ở vùng biển phía Tây, nơi bây giờ là Hà Tiên, Kiên Lương, có một làng chài nhỏ nép mình dưới chân những dãy núi đá vôi. Biển ở đây xanh như ngọc, sóng hiền, cá tôm nhiều vô kể. Đàn ông trong làng ngày ngày ra khơi, đàn bà ở nhà vá lưới, phơi khô. Trong làng có hai cha con nhà nọ, cha nuôi con bằng chiếc ghe nhỏ và tấm lưới cũ. Đứa con lớn lên theo cha đi biển, thương cha, nghe lời cha, chưa từng rời cha nửa bước.
Rồi một năm, chẳng biết từ đâu, một con thuồng luồng khổng lồ kéo về vùng biển ấy. Mình nó dài như chiếc thuyền lớn, vảy đen bóng, mắt đỏ như than hồng. Nó rình dưới làn nước, hễ thấy ghe thuyền ra khơi là trồi lên quẫy đuôi, đánh chìm thuyền rồi nuốt chửng người đi biển. Hết nhà này đến nhà khác có người không trở về. Tiếng khóc than vang khắp xóm chài.
Từ đó, không ai còn dám ra khơi. Ghe thuyền nằm phơi trên bãi, lưới mục dần, nồi gạo nhà nào cũng cạn. Trẻ con đói khóc, người già thắp nhang khấn vái, mà con thuồng luồng vẫn ngày đêm lượn lờ ngoài biển, có hôm còn trườn vào tận gần bờ. Người làng bàn nhau trăm cách. Có người đem lễ vật ra cúng, có người toan bỏ làng đi nơi khác. Nhưng chẳng ai nghĩ ra cách gì trị được nó. Mỗi đêm, sóng vỗ vào bờ nghe như tiếng ai than khóc.
Người cha nhìn cảnh làng xóm điêu đứng mà đau lòng. Đêm ấy, ông ngồi lặng bên bếp lửa rất lâu. Ông nghĩ: Con quái này chỉ ăn thịt người. Muốn diệt được nó, phải có người chịu làm mồi. Ông lặng lẽ đi tìm những thứ thuốc độc mạnh nhất, đem tẩm khắp thân mình, ngấm vào từng thớ da thớ thịt. Ông không nói với ai, kể cả đứa con đang ngủ say bên cạnh. Trước khi đi, ông đứng nhìn con thật lâu, rồi khẽ kéo lại tấm chăn cho con.
Trời chưa sáng, người cha một mình chèo chiếc ghe nhỏ ra giữa biển. Sóng lặng, sương mờ phủ kín mặt nước. Ông đứng thẳng trên mũi ghe, gõ mái chèo vào mạn thuyền, như cố ý gọi con quái vật. Chẳng bao lâu, mặt nước sủi bọt, con thuồng luồng trồi lên, há cái miệng đỏ lòm. Người cha không lùi bước. Nó quẫy đuôi đánh chìm ghe, nuốt chửng ông vào bụng, rồi lặn xuống biển sâu.
Chỉ một lúc sau, biển bỗng cuộn sóng dữ dội. Con thuồng luồng trúng độc, quằn quại, vùng vẫy, đập đuôi làm nước tung trắng xóa cả một vùng. Tiếng nó gầm vang đến tận trong làng. Người làng hoảng hốt chạy ra bãi, chỉ thấy biển sôi lên ầm ầm, rồi dần dần lặng đi. Khi trời sáng hẳn, xác con quái vật nổi lềnh bềnh trên mặt nước. Vùng biển đã được yên, nhưng không ai biết người đã đổi lấy sự bình yên ấy là ai.
Sáng ra, đứa con thức dậy không thấy cha đâu, chạy khắp xóm hỏi, ai cũng lắc đầu. Ra bãi, không thấy chiếc ghe nhỏ, cậu linh cảm có chuyện chẳng lành. Cậu chèo thuyền ra khơi, vừa chèo vừa gọi cha khản cả giọng. Đến chỗ xác con thuồng luồng, cậu thấy mảnh ván ghe nhà mình trôi bên cạnh. Rồi cậu tìm thấy thân cha nằm giữa đám bọt sóng. Cậu hiểu ra tất cả: cha đã lấy thân mình đổi lấy sự sống cho cả làng.
Đứa con ôm chặt lấy cha mà khóc. Cậu khóc đến lạc giọng, áp mặt vào ngực cha, không chịu buông ra. Chất độc còn ngấm trên người cha thấm dần sang người con. Cậu biết, nhưng vẫn không rời tay. Cậu thì thầm với cha rằng từ nhỏ đến lớn chưa từng rời cha nửa bước, nay cũng không để cha một mình ngoài biển lạnh. Đến khi chiều xuống, hai cha con vẫn ôm nhau giữa biển, đứa con ngả đầu vào vai cha, rồi cùng lặng đi mãi mãi.
Trời đất cảm động trước tấm lòng của hai cha con, hóa họ thành hai hòn đá đứng bên nhau giữa biển. Hòn lớn là người cha, đứng sừng sững che chắn cho làng. Hòn nhỏ là người con, nép sát bên cha, như vẫn ôm cha không rời. Người làng gọi đó là hòn Phụ Tử, ghe thuyền đi ngang thường nghiêng mình kính cẩn. Trải qua bao năm sóng vỗ, nay hòn cha đã đổ xuống biển, chỉ còn hòn con đứng lặng giữa trời nước, như vẫn còn đợi cha. Người Hà Tiên kể chuyện này cho con cháu, để nhớ về tình cha con và lòng quên mình vì người khác.