Thuở xa xưa, trên núi Đại An nhìn ra biển, có hai ông bà già hiếm muộn sống trong một túp lều tranh. Ông bà trồng một vườn dưa nhỏ, sáng chiều chăm bón, mong đến mùa đem ra chợ đổi lấy gạo muối. Ấy vậy mà cứ đêm trăng sáng, dưa chín trong vườn lại mất đi vài quả. Ông lão lấy làm lạ, một đêm nấp sau bụi tre mà rình. Gần nửa đêm, ông thấy một cô bé chừng mười ba tuổi, tóc dài, áo trắng, tung tăng giữa ruộng dưa, hái một quả rồi ngồi dưới trăng mà đùa nghịch. Ông nhẹ nhàng bước ra hỏi: “Con nhà ai, sao khuya khoắt lại một mình nơi núi vắng?” Cô bé không chạy, chỉ cúi đầu, đôi mắt sáng như sao.
Cô bé không kể mình từ đâu tới, chỉ nói mình không có nhà. Hai ông bà thương tình, lại đang mong có con, bèn đón cô về nuôi như con đẻ. Từ ngày có cô, túp lều nhỏ như có thêm ánh sáng. Cô nhanh nhẹn, khéo tay, hái rau, tưới dưa, nấu cơm đỡ cha mẹ già. Nhưng người làng để ý thấy cô thường đứng một mình trên mỏm đá, nhìn mãi về phía mây trời ngoài biển, như nhớ một nơi nào đó rất xa. Có lần trời đổ mưa lớn, nước lũ tràn xuống chân núi. Cô đi nhặt đá, ngắt hoa, bày thành một hòn non bộ nhỏ trên đỉnh núi, giống hệt cảnh tiên mà chỉ mình cô biết. Ông lão về thấy, tưởng con bày trò chơi giữa lúc nhà đang lo lũ, liền mắng cho một trận.
Lời mắng ấy không nặng, nhưng làm cô tủi thân. Nỗi nhớ trời cao bấy lâu nén lại nay trào lên, cô ra bờ biển ngồi khóc. Đúng lúc ấy, một khúc gỗ kỳ nam thơm ngát trôi dạt vào chân sóng. Cô biết đó là duyên trời gửi tới. Cô hóa mình nhập vào khúc gỗ, rồi để sóng đưa đi. Khúc gỗ trôi ra khơi, xa dần bờ biển quê nhà, mặc cho hai ông bà già chạy dọc bãi cát gọi con đến khản cả giọng. Gió bấc thổi, dòng nước cuốn, khúc kỳ nam cứ thế trôi mãi về phương Bắc, qua bao nhiêu ngày đêm, mùi hương bay theo từng con sóng.
Khúc gỗ dạt vào bờ biển một nước phương Bắc. Dân chài thấy gỗ thơm lạ thì xúm lại khiêng về, nhưng mười người, rồi hai mươi người cũng không nhấc nổi. Chuyện đến tai nhà vua. Quân lính, voi ngựa kéo đến cũng đành chịu. Hoàng tử nước ấy, một chàng trai hiền lành, nghe chuyện liền tò mò ra xem. Chàng vừa đặt tay vào, khúc gỗ đã nhẹ bỗng như một tấm lụa. Chàng tự tay ôm gỗ về cung, đặt trong phòng riêng, ngày đêm ngắm nghía, thấy lòng an lạ lùng mỗi khi ngửi mùi hương ấy.
Một đêm trăng, hoàng tử thổi sáo bên khúc kỳ nam. Tiếng sáo vừa dứt, chàng thấy từ trong gỗ bước ra một người con gái dung nhan rực rỡ, áo trắng như mây. Nàng toan trở vào trong gỗ thì hoàng tử đã giữ tay lại, hỏi nàng là người hay là tiên. Nàng kể mình từ phương Nam tới, theo sóng mà dạt vào đây. Hoàng tử đem lòng thương mến, xin vua cha cho cưới nàng làm vợ. Đám cưới linh đình, cả nước vui mừng. Ít năm sau, nàng sinh cho chàng hai người con, một trai tên là Trí, một gái tên là Quý, đều khôi ngô sáng sủa.
Sống trong cung vàng điện ngọc, có chồng thương, con ngoan, nàng vẫn không nguôi nhớ quê. Mỗi chiều, nàng đứng trên lầu cao nhìn về phương Nam, nơi có núi Đại An, có hai ông bà già đã nuôi nàng khôn lớn. Nàng thầm hỏi không biết cha mẹ già giờ ra sao, vườn dưa còn xanh không. Một hôm nhân lúc chồng đi xa, nàng dắt hai con ra bờ biển, cùng nhập vào khúc gỗ kỳ nam. Khúc gỗ lại lênh đênh trên sóng, lần này trôi ngược về phương Nam, về đúng bãi biển ngày xưa nàng đã ra đi.
Lên đến núi Đại An, nàng chỉ thấy túp lều đổ nát, vườn dưa cỏ mọc um tùm. Hai ông bà già đã qua đời từ lâu. Nàng khóc thương cha mẹ nuôi, rồi đắp lại mộ, dựng đền thờ ngay trên nền nhà cũ. Từ đó nàng ở lại với dân trong vùng. Thấy người dân còn khổ, nàng dạy họ cày cấy trồng lúa, trồng dâu nuôi tằm, dệt vải may áo, dạy cách đan lưới đánh cá ngoài khơi. Nàng lấy đá chất thành bờ, ngăn nước lũ. Ở đâu có bàn tay nàng, ở đó đất đai tươi tốt. Dân Chăm kính phục, gọi nàng là Mẹ xứ sở, tên tôn kính là Thiên Y A Na.
Ở phương Bắc, hoàng tử trở về không thấy vợ con, buồn bã khôn nguôi. Chàng sai một đoàn thuyền lớn vượt biển đi tìm. Quân lính đến vùng đất của nàng, nhưng không như chủ tướng dặn dò, họ ngông nghênh quấy nhiễu dân lành, lại buông lời báng bổ nơi đền thờ của nàng. Thiên Y A Na nổi giận. Trời đang lặng bỗng tối sầm, gió nổi, sóng dâng cao như núi, sấm sét vang rền. Cả đoàn thuyền bị nhấn chìm, rồi hóa thành những hòn đá nằm giữa biển. Người dân vùng ấy đến nay vẫn chỉ cho nhau những tảng đá kỳ lạ ngoài khơi, bảo rằng đó là thuyền của quân phương Bắc ngày xưa.
Ít lâu sau, khi việc dạy dân đã xong, một ngày trời quang, người ta thấy Thiên Y A Na cưỡi một con hạc trắng bay lên mây xanh, trở về cõi trời mà nàng hằng thương nhớ. Dân trong vùng nhớ ơn, lập đền thờ nàng trên đồi Cù Lao bên cửa sông Cái, nhìn ra biển Nha Trang. Ngôi đền được xây bằng gạch nung đỏ, ngày càng cao, thành những ngọn tháp mà ngày nay ta gọi là tháp Bà Ponagar. Người Chăm gọi nàng là Pô Inư Nưgar, người Việt gọi nàng là Thiên Y A Na thánh mẫu. Mỗi mùa lễ, khói hương vẫn nghi ngút, tiếng trống ghi năng vẫn rộn ràng, như lời nhắc về người mẹ đã dạy dân cách sống trên mảnh đất này.